Die Gemeinde entstand 1907 als Mitglied der Evangelisch-Lutherischen Freikirche (ELFK). Im Zuge der Trennung der ELFK von der SELK 1984 kam es zur Spaltung der Leipziger Gemeinde. 1991 vereinigte sich dieser größere Teil mit der SELK, der kleinere Teil bildete eine selbständige Gemeinde der ELFK.
Besonderheit der Leipziger SELK-Gemeinde ist die starke Missionsarbeit unter Iranern. Es gibt Bibelstunden und Predigtnachbesprechungen auf Farsi.